故事发生于九十年代，拖拉机工人铁头（成龙饰）冒着生命危险偷渡前往日本，决定找他那位到了日本留学的女朋友秀秀（徐静蕾饰）。他在日本投靠同村好友阿杰（吴彦祖饰），与其余偷渡客共住在同一个屋檐下，过着发达社会的下层生活、干着粗活，但生活所迫人令他们的挖泥工作难以赶上物价急速通胀的生活。

正当铁头放弃找寻秀秀之际，赫然发现她已改名为结子，成为日本黑帮“三合会”副会长江口利成（加藤雅也饰）的妻子。铁头遂决定在日本落地生根并改善生活，往后更于夜店相识了

从事妈妈桑的丽丽（范冰冰饰）。

他们于当地无法从事正当职业，铁头说服阿杰一同开始违法勾当，令生活素质得以改善，并学习日语为求融入社会，让自己成为有文化的人。他们的一群人势力越来越强，生活渐见起色，所有兄弟也视铁头为他们的领袖。

他们将台南帮看管的赌博机动了手脚从中获利。一次胆小的阿杰在帮同伴看守赌博机时，被识破他们伎俩的台南帮老大高捷（高捷饰）抓住，阿杰被高捷用栗子铲砍掉了右手掌，自此阿杰亦性情大变。铁头决定替阿杰报仇，恰巧发现高捷想取江口性命，遂把江口救出。江口纵然知道铁头与结子是旧情人，但仍与铁头惺惺相惜，并让铁头替他杀掉三合会的会长，完事后江口便替他弄一张日本身份证作回报，还把台南帮的地盘给他了。

　　铁头取得身份证后便打算和丽丽离开众人并于其它地区开小店做生意，让阿杰及其余人继续他之前的业务。但他的宁静生活却被他曾救其一命的警察北野（竹中直人饰）打破，北野警告铁头他的同乡已触犯不少严重罪案，阿杰残废后变得大胆凶狠，警方已成立档案 “新宿事件”来调查华人犯罪纪录，并把从前与铁头为伍的一帮人视为日本最大的华人犯罪组织。

铁头查明真相后决定与北野合作，他希望所有的兄弟回头是岸，但众人见铁头带了北野前来，误认为他要出卖一众兄弟。而江口此时只一心成为日本帮会的领袖，欲把掌握了他罪证的北野及铁头杀死。另一面，江口的敌人挟持了结子，她性命危在旦夕……

江口、阿杰、铁头、北野四人再次碰面。另外，高捷亦带来一批杀手打算干掉江口，五路人马聚首要把旧账一次算清，一场腥风血雨的厮杀局面一触即发……

电影花絮：《新宿事件》是尔冬升用十年时间搜集资料筹备的电影，描写了华人在东京的一段曲折惊险经历。

根据片方在戛纳所述，成龙在片中角色上遭遇很大挑战，其中的一个看点是：成龙将会在影片最后“死去”，为整部影片画上悲惨句号。

而作为影片配角、被成龙带入行的吴彦祖从日本拍完该片回来时透露，一直赶拍新片《新宿事件》很累，为这部戏瘦了5公斤，“我比以前瘦了很多”。在场的人描述，“从吴彦祖眼中清晰的血丝可以看出来，这部戏让他没少受罪”。而范冰冰、徐静蕾两位女演员，则出演了她们职业生涯中少有的负面角色，其中以在片中饰演“妈妈桑”角色的范冰冰为甚。