尽管外界环境风雨飘摇，哈利还是决定抛开不开心的事情，开始新的学年。然而，重返霍格沃茨的哈利却发现，就连霍格沃茨的平静生活，也因为伏地魔及其手下爪牙的频频袭击而荡然无存。目睹伏地魔复活之后，哈利度过了他生命中最漫长、最孤独的暑假。当然，姨妈姨父仍然把他当成臭虫般的呼来喝去，表哥达力没事就把他当成沙包练拳击。甚至还有两只以吸食灵魂为生的摄魂怪脱离了魔法部的掌控，来到女贞路上伏击哈利，好在勇敢的哈利用守护神咒赶走了摄魂怪。

　　阴险的魔法部本想通过摄魂怪事件，诬陷哈利在校外使用魔法而违反了《对未成年巫师加以合理约束法》——禁止未成年人在校外滥用魔法，打算就此开除哈利。哈利来到魔法部受审，邓布利多哈利做证人，终帮他摆脱了指控。

　　可怜的哈利，在暑假经历了一连串的变故后，终于等来了开学……魔法部的副部长乌姆里奇成为这一年的黑魔法防御术课的新老师，她是代表魔法部来整治霍格沃茨的“不良风气”的，第一堂课，哈利就因为管不住自己而与她起了冲突，最终被罚关禁闭。如果你认为乌姆里奇教授口中的“禁闭”只是普通的抄写课文的话，那你就错了，因为她给哈利一支神奇的笔，用哈利的鲜血做墨水，每一笔都深深地刻在了哈利的手背上。

　自从伏地魔复活以后，哈利被越来越多的梦魇所困扰着，因为头上那道伤疤，使得哈利与伏地魔的思想产生了某种联系。正是在一场梦境里，哈利目睹罗恩的爸爸亚瑟被蛇咬伤，及时发出了警告，挽救了亚瑟的生命。

　　对于哈利来说，情人节第一次变得有意义，因为他和张秋约好一起去霍格莫德村。然而，约会的过程却不尽如人意，属于典型小女人的张秋，需要人哄需要人疼，而哈利却偏偏是个木头疙瘩，结果两人不欢而散。

尽管巫师社会对可怕的事实视而不见，尽管霍格沃茨的大部分学生并不相信哈利所说的摄魂怪归来的宣言，但在好朋友赫敏和罗恩的鼓励和帮助下，哈利决定开始自己的行动。他秘密地与一小群忠诚于邓布利多校长的学生会晤，组建了一支“邓布利多军”，并借此机会教会小巫师们如何保护自己以抵御黑魔法，为横亘在不远的将来的特殊战斗做准备。然而，在这群并肩作战的勇敢小巫师们的未来，将有一场有史以来最艰巨的战役，暴风雨将至……

　　由于D.A.内部成员的背叛，乌姆里奇最终还是发现了哈利在背着她教大家黑魔法防御术。所有人连滚带爬总算逃脱升天，最终只有哈利因为断后而被抓住——告密的人竟然就是张秋，而邓布利多代哈利受罪，被赶出了霍格沃茨。

　　原来伏地魔一直想得到的是那个隐藏着自己未来命运的预言球……他侵入哈利的思想，得知小天狼星是他生命中最重要的人，利用一种假相将哈利骗至魔法部。一场混战就此展开，然而让伏地魔想象不到的是，虽然D.A.的成员都是一些半大的孩子，却与食死徒斗了个不相伯仲，直到凤凰社的成员赶来增援。这场混战中，食死徒与凤凰社互有伤亡，但都及不上哈利万分之一的痛苦，他生命中最后一位亲人也离他而去......