即将在霍格沃兹渡过第三个年头，此时在阿兹塔班却传出恶棍小天狼星越狱的消息。据说小天狼星正是背叛哈利父母的好友，他的教父，而这次小天狼星越狱似乎正是为了找他。哈利的心里悄悄的滋生了为父母报仇的想法，期待着小天狼星的出现。

　　听说小天狼星要加害自己，哈利并没有感到害怕。他在回霍格沃兹魔法学校的列车上，却遇见了真正令他毛骨悚然的怪物——摄魂怪，它是阿兹卡班监狱派出抓捕小天狼星的，而哈利波特每次接触摄魂怪时都会昏倒。幸好，新来的魔法老师卢平教授帮助了哈利。

　　哈利波特和他的两位好友──罗恩与赫敏，在霍格沃茨魔法学校，要迈入第三个学年了，这几个青少年被迫面对内心最大的恐惧，要应付一个危险的逃犯，还有原本是要保护他的一群摄魂怪。

　　魔法学校又开学了，来了许多新的同学，哈利也回到了同学和好友当中。新老师新课程使他的生活重新新鲜刺激起来，新的魔法老师卢平的课非常有趣，占卜学课却令哈利感到更加害怕，斯内普还是像以前那样和他作对。有趣的是，海格也当上了老师，教他们饲养一些奇怪的动物。有一天，海格教他们亲近巴克比克(一只庞大凶猛暴躁的鹰头马身有翼兽)，小坏蛋马尔福惹怒了它，于是，巴克比克踢起脚打伤了马尔福。

　　被巴克比克打伤的马尔福，立刻向魔法部告发海格，他既想取消海格的教师资格，也要对鹰头马身兽巴克比克实施死刑。就在要对巴克比克执行死刑的那一天，哈利、赫敏和罗恩来到了海格的小木屋旁，他们想安慰海格。海格将失踪的斑斑交给罗恩，此时，邓布利多与魔法部的人来到小屋行刑，在躲避过程中，罗恩被斑斑咬伤，罗恩追赶斑斑到打人柳下，突然出现的狗灵将罗恩拖入了打人柳下隐蔽的洞穴里，哈利和赫敏于是也跟着爬了进去。爬过一段黑暗的路后，哈利他们来到了一间小房子里，顿时惊呆了：屋子里，一个蓬头垢面的人，正与一个矮子和斯内普教授打斗。斯内普教授告诉哈利，那个蓬头垢面的人就是杀害哈利父母的小天狼星。

　　看见杀害父母的仇人，哈利气愤之下挥起了魔法棒，指向小天狼星。在这个关键时刻，屋外突然冲进一个人，把哈利击倒。这人正是魔法课老师卢平教授，原来，小天狼星并不是杀害哈利父母的人，其实真正的凶手是一直潜伏在罗恩身边的老鼠斑斑，斑斑其实是詹姆和莉莉的另外一个朋友小矮星彼得变的。

　　原来，在学校的时候，詹姆，小天狼星，卢平和小矮星彼得都是好朋友。由于卢平的狼人身份，另外三个好朋友想办法学会了阿尼玛格斯，就是能把自己变成动物的一种魔法。詹姆是一只牡鹿（也就是哈利的守护神的样子），小天狼星是一只大狗，小矮星就变成了老鼠。每当月圆之时，卢平变成狼的时候，詹姆和小天狼星就变成牡鹿和大狗和它进行对抗，避免它去伤害别人，而小矮星变成的老鼠跑到打人柳下按住静止开关，以便他们穿过秘密通道到达传说中闹鬼的“尖叫棚屋”，让卢平远离人群，去度过那个难熬的夜晚。一直以来，卢平并没有因为自己是狼人而受到好朋友们的排斥，反之，他一直受到詹姆和小天狼星的保护。而小矮星，一直因为拥有詹姆和小天狼星这样的朋友而受宠若惊，

　　伏地魔当权之时，所有的凤凰社成员，包括詹姆和莉莉，都转入地下工作。当时，哈利刚刚出生不久。詹姆和莉莉住在戈德里克山谷的一个隐秘地点，他们的藏身之处有“赤胆忠心咒”保护者，而他们的好朋友小天狼星成为了他们的保密人。当时的情况非常危险，小天狼星担心自己的保密人身份会被伏地魔所利用，从而对詹姆和莉莉不利。于是，他做出了一个决定，就是让不起眼的小矮星彼得代替他作为詹姆和莉莉的保密人。他以为，小矮星不会引起伏地魔的注意。然而，小矮星的天生懦弱和胆怯，让他对伏地魔屈服了，他出卖了自己的灵魂，成为了伏地魔的仆人。他告诉了伏地魔詹姆和莉莉的藏身之处，詹姆和莉莉被杀害了，小哈利却存活了下来，伏地魔变成一个游魂漂浮在世间。

　　当小天狼星知道了小矮星背叛的事情以后，快气疯了。他找到了小矮星，要和他决斗。小矮星知道自己都不过小天狼星，就在伦敦的一条大街上，施了一个爆炸咒，炸死了十二名无辜的麻瓜，又切下自己的一根手指，放在爆炸现场，做完这些以后，他变成了老鼠从阴沟里逃走了。当魔法部的傲罗赶到现场时，他们理所当然的认为小天狼星畏罪潜逃，又杀死了这么多无辜的麻瓜，他们逮捕了小天狼星。而小天狼星因为失去好朋友的巨大悲痛，和对告密者的巨大仇恨，变得万念俱灰，没有反抗就被投进了阿兹卡班监狱。而小矮星，却被认为是抵抗敌人的英雄，他的那截短掉的手指，成为了他“英雄事迹”的证据。

　　当哈利终于相信了事情的真相时，他终于明白了小天狼星是忠诚的，并且他还是哈利的教父。当小天狼星和卢平准备杀死小矮星，为詹姆和莉莉报仇时，哈利阻止了，因为他认为小矮星应该受到审判，并且将他的罪行昭告天下，这样小天狼星才可以洗脱罪名。没想到，小矮星却趁乱变成老鼠逃跑了。

　　小天狼星，卢平，哈利，罗恩，赫敏，以及闻讯赶来，想要抓小天狼星却被哈利击昏的斯内普一起回到城堡，没想到当天正是个月圆之夜，没有喝药水的卢平走到夜空下看见了满月，变成了狼，并且开始攻击变成大狗的小天狼星，小天狼星抵挡不住攻击，倒下了。其余的人都惊呆了。就在这时，摄魂怪来了，一百多个的摄魂怪穿过湖面，来到哈利和倒下的小天狼星身边，远处还有卢平的狼嚎。这时，哈利已经虚弱得无法变出守护神来保护大家，就在摄魂怪要吻哈利的时候，一个人影出现了，变出了守护神，赶跑了摄魂怪，救了所有人。哈利相信，那个人影就是他的父亲，詹姆。

　　哈利和罗恩，赫敏回到城堡时，邓不利多提醒赫敏可以用时间转换器来拯救“不止一个生命”。哈利和赫敏用时间转换器回到了当天下午早些时候，他们隐藏在海格小屋外面，放跑了巴克比克，让前来行刑的郐子手扑了空。随即，他们又等在打人柳外面，等待着卢平变成狼人，一切都在重演，哈利渴望再次见到那个拯救了他们人影，可是，那个人影迟迟没有出现，这时，哈利恍然大悟，那个救了他们的人其实就是哈利自己。哈利从而向相信，自己的力量能够帮助自己度过难关。

　　这时，小天狼星已经被斯内普关了起来，因为真相还没有被大家所认识，小天狼星即将再次被投入阿兹卡班监狱。哈利和赫敏必须抓紧时间再去拯救小天狼星，他们穿过树林找到巴克比克，放出了小天狼星，让小天狼星骑着巴克比克逃走了。

　　当哈利和赫敏做完这所有的一切回到城堡时，时间正好指向他们通过时间转换器离开的时间。他们成功地做到了，没有被任何人发现却改变了历史。