神秘恐怖分子突袭国立微生物研究所，抢走了可怕的病毒。很快，以大财团为目标的恐怖组织“红色暹罗猫”，发表声明称七天后将再次发起恐怖袭击。

    铃木财阀顾问铃木次郎吉，一手指挥建造的世界最大空中飞船“铃木一世”，终于宣告完成。铃木之所以要建造这样的超级飞行艇，为的就是能逮住怪盗基德。

    “七天后，‘铃木一世’将载着有‘天空的贵妇’之称的珍宝，从东京飞往大阪”，铃木直接向基德发出挑战。基德则回应称会在飞行艇抵达大阪上空时空手。这场将在天空上展开的对决，引起了社会关注。

    “铃木一世”起飞当天，中森警长、小五郎、兰、柯南以及少年侦探团，以及一群来自不同媒体的记者们，收邀登上了飞行艇。

    飞行艇缓缓升向东京上空，此时，距离抵达大阪还有六个小时的时间。此时，基德还不知行踪。突然，一架来历不明的直升飞机，朝着“铃木一世”驶来。那是“红色暹罗猫”的人，他们迅速控制住了整架飞行艇，并在艇内安置了炸弹，还散播了病毒。如果飞行艇在空中引爆，那么艇上所有成员将丧命；如果飞行艇抵达大阪上空后引爆，那么关西地区的一千万平民将陷入危难之中。

    没过多久，飞行艇上陆续有人感染病毒。柯南躲开“红色暹罗猫”的耳目，带领少年侦探团暗中拆除炸弹，并准备发起反击。

    小兰意外发现基德已经在飞行艇上，她怀疑失踪的新一一直伪装成基德，以查案为借口，实际却是要盗取宝物。然而，不幸的是，小兰在还没弄清事实之前，也染上了病毒。

    面对炸弹与病毒的双重威胁，柯南既要与“红色暹罗猫”周旋，又要阻止基德盗走珍宝，他能够利用智慧化险为夷吗？

    被神秘的恐怖分子劫机！！

　　在世界上四处猎取宝石的怪道基德的回归，燃起与他对决的执念是

　　大富豪·铃木次郎吉的挑战书

　　在世界最大的飞艇贝尔斯利号上放置了宝石“天空的贵妇人”

　　有本事就来偷偷看。

　　时间限制是东京至大阪之间，六个小时内

　　次郎吉邀请小五郎、兰、柯南和少年侦探团也乘坐了这班飞艇。

　　是基德猎获宝石呢？还是基德本人被猎获呢？在以天空为舞台的头脑战斗开始之前，

　　神秘的恐怖分子“赤色的暹罗猫”袭击了飞艇！

　　他们劫机的目的到底是？基德与柯南的对决又如何了？！

四月，柯南最新剧场版《名侦探柯南：天空的幽灵船》，又如期与日本观众见面了。

    柯南之父青山刚昌透露，本片的创作灵感来自一次普通的午餐。青山正在同为漫画家的矢口高雄，一边进餐一边聊天。当时，正好有一架飞行艇从窗外飞过，被青山老师目睹，当即萌生要将这一特殊交通工具写进下一部柯南的想法。

除了早已被观众熟知的声优阵容以外，本部柯南还特别请到了因《悬崖上的金鱼姬》而走红的大桥望美，为一位名叫川口聪的关键角色配音。虽然，大桥所担任的角色是一名男生，难免紧张，可大桥在录制现场的表现，出乎了工作人员意料，配音非常顺利地完成了。