一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生6起连环杀人案，被害者身边全都留下了麻将牌中的七筒和奇怪暗示。柯南在跟随目暮警官和小五郎参加搜查会议的时候，偶然发现一位刑警偷偷逃离现场，而现场的一切证据都指向了“黑暗组织。”显然，这个逃离的凶手就是“黑暗组织”的成员。而更令柯南惊讶的是，驾车离开的竟然是当年给柯南灌下毒药使变成小孩的罪魁祸首——琴酒。危机在此刻一触即发！

        如果琴酒知道了“工藤新一还活着”的消息，不仅是新一本人，和他有关联的柯南及其朋友们也会被统统抹杀。意识到事态的严重后果，柯南只得孤身前往调查……

        与宿敌的最后一战！！看柯南如何孤身拯救自己和朋友们？

 

首先电影开头是很可怕的，晚上柯南在侦探事务所2楼里取东西的时候，门外有动静，柯南去查看，结果回来的时候Gin和Vodka却突然出现在屋子里，GIN堵住了柯南的嘴巴，并说了一句【觉悟吧，工藤新一，不……现在应该是江户川柯南吧】，之后掐住柯南的嘴把他举了起来，小兰下楼来寻找柯南，这时候Gin使了个眼色对Vodka，然后说【看看和你扯上关系的人都是怎么玩完的吧】，门口的玻璃出现了小兰的身影，柯南被堵住嘴巴说不出话，Vodka举起了枪，门开了，但是没有枪声，原来只是个梦，到最后随着柯南一句“小兰”这样的大喊结束了开头。

　　少年侦探团一行在米花之森里捕捉甲虫，柯南在这里获得了博士新开发的背带，竟然可以吊起元太，（这东西在剧末有大用处）其中发现有一只雌性甲虫背上帖了带有便利店 OPEN的交叉纸条封印，这是之后的关键情报之一，之后对“标签甲虫”的悬疑再次以博士的冷笑话把这个猜测谜题结束，而那个冷笑话是关于中国传说牛郎和织女的哦。

　　案件是一个以麻将牌为提示的连续杀人事件。

　　其次是警视厅的间谍，具体的发现是因为那个群马县的冒失警察（本剧场版里已经晋升为警部）在开会后唱起了【七个孩子】，被柯南听到后追踪，结果发现了某个警察进了那辆黑色的保时捷，佐藤警官向周围人提起了毛利侦探办案时候柯南给的许多提示和不可思议的故事，被某间谍听到。（这个间谍大家绝对想不到多厉害，稍后揭示）

　　会议中的时候，毛利的冒失推理让暮目警官赞叹要是工藤新一在就好了，横沟警官说工藤好久不出现了，这时候高木竟然冒失的说出在黑衣骑士的时候工藤出现的故事，被某间谍听到......

　　一个黑影在屋子里用了电脑，因为他是间谍，所以很容易就入侵了警视厅的电脑，屏幕显示了许多江户川柯南的档案。

　　本剧场版首次把TV内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士章，灰原与组织重逢章，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而元太是鳗鱼（像蛇），柯南是海豚……　

深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个间谍，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的戏服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的头盔上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！此事镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运......

　　此后嫌疑人锁定无关人物，抓捕过程中又是那个群马警部提早亮出了警官证导致抓捕一度失败，嫌疑人的女友紧张下以刀威胁警察要放了他男友，并用刀刺向上原由衣（虎田由衣）刑警【剧场版首次登场，大和敢助警官的青梅竹马（见TV516-517风火山林）】，这时候目暮警官挡下了那一刀，（也就是预告片了的那段），并非是被黑暗组织的人刺杀，嫌疑犯本人则劫持人质，而那人质是苦艾酒装扮的，之后柯南偷偷跟到了地下停车场揭露她的身份，理由是追踪眼镜看到她左裤筒里有手枪形状的痕迹，并且被刀划伤的左脸没有流血。至于苦艾酒为什么故意被劫持，我就留个谜底吧，苦艾酒给了柯南的提示是组织的另外一个人，Irish，即那个警视厅间谍……Irish是组织新人。

　　镜头转向关西的京都和大阪，柯南给服部电话，要他调查那个京都宾馆火灾事件，可是和叶在旁边吓了服部一跳，于是在窗边接电话的服部险些从3楼掉下去摔死

　　预告片中虽然黑暗组织的狙击手瞄准了佐藤和高木的头，但是打的却是汽车轮胎，他们还没那么傻直接和警视厅对着干，只是制造事故拖延时间，之后佐藤开始怀疑警视厅内有间谍，因为他们的行动路线被掌握（基安蒂说：“一个郎才”（高木），科恩说：“一个女貌”（佐藤））（13剧场版佐藤和高木总是在一起，连目暮警官分配任务也是，目暮警官是不是故意的呢？）